Le château de Bonaguil existe au moins depuis la seconde moitié du XIIIe siècle. Il est mentionné en 1271 et dépend directement du roi Philippe III le Hardi.

Par le jeu des alliances matrimoniales, il parvient dans le patrimoine des sires de Roquefeuil durant la première moitié du XVe siècle. Jean de Roquefeuil entame la modification de la place vers 1443, mais c'est son fils, Bérenger, qui lui donne toute sa splendeur à compter de 1483. Le personnage est doté d'un caractère bien trempé. Bérenger appartient en effet à l'engeance de ces derniers grands féodaux imbus de leurs prérogatives, qui regardent avec mépris l'émergence des mouvements communaux et les progrès de l'absolutisme royal, tout en rejetant les fastes de la vie de cour. Il s'intitule volontiers - en toute modestie - " Homme puissant, noble et magnifique, baron de Roquefeuil, de Blanquefort, de Castelnau, de Combret, de Roquefère et comte de Naut. " Malgré toute sa détermination, il perd devant le parlement de Toulouse un procès qui l'oppose aux habitants de sa châtellenie de Castelnau-Montratier. Par dépit, il cache derrière les murs de Bonaguil son orgueil blessé : " Par Monseigneur Jésus et tous les saints de son glorieux paradis, j'élèverai un castel que ni mes vilains sujets ne pourront prendre, ni les Anglais s'ils ont l'audace d'y revenir, voire même les puissants soldats du roi de France. " Il meurt aigri et solitaire en 1530 derrière ses hautes murailles et sa dépouille repose pour l'éternité dans la petite chapelle castrale dominée par son défi de pierre. Construit à l'écart de toute voie principale de communication, en un lieu dépourvu d'importance stratégique, Bonaguil n'eut d'autre fonction que d'afficher la puissance d'un potentat en mal de reconnaissance. Comme le souligne l'historien Max Pons, " Bérenger eut surtout le tort de naître trop tard. " Thierry Ribaldone conclue : " Il n'est pas exagéré de dire que son Hastings ou son Cocherel, c'est Bonaguil. "

Propriété de Marguerite de Fumel au XVIIIe siècle, le château fait l'objet de transformations dans le goût du temps. Des jardins en terrasse sont aménagés dans les fausses-braies ouest et des ponts dormants se substituent aux vieux ponts-levis. Menacé de destruction à la Révolution, la ville de Fumel acquiert les impressionnantes ruines en 1860. Prosper Mérimée obtient leur classement dès 1862.
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