Les premières traces d'occupation du Schlossberg remontent au néolithique (deuxième moitié du IIIe millénaire avant J.-C.). Plus tard, le site est occupé par un poste d'observation romain, comme en témoignent les vestiges retrouvés sur place : un mur servant d'assise à l'enceinte du Dagsburg, une tuile à rebord de la 1ère légion romaine, et un grand nombre de monnaies allant de la fin du IIIe siècle à la fin du IVe siècle.

C'est le texte fondateur de l'abbaye Sainte-Croix de Woffenheim, créée entre 1006 et 1035 par le comte Hugues IV et son épouse Heilwige (héritière du comte de Dabo), qui nous renseigne sur l'existence du " castrum Eginiskeim " (château d'Eguisheim). Il est fort probable que celui-ci soit détruit en 1026-1027 par le duc Ernest de Souabe. Sa Chronique rapporte en effet qu'à l'occasion d'une offensive lancée contre l'Alsace, les châteaux du comte sont ruinés. Si tel est le cas, sa reconstruction s'avère rapide, car Gérard III est nommé en 1038 comte du château d'Eguisheim, et sa chapelle Saint-Pancrace est bénie par le pape Léon IX (fils de Hugues IV) en novembre 1049. A cette époque (vers 1061), les droits sur le château sont partagés entre les trois fils du comte Henri Ier. C'est par le mariage de l'une de ses petites-filles, Heilwige, en 1079, qu'une partie du château échoie au comte Gérard Ier de Vaudémont (germanisé en Weckmund). Leur fille Stéphanie transmet les droits à une autre maison prestigieuse, celle des comtes de Ferrette.

Dans la seconde moitié du XIIe siècle, des travaux de grande envergure sont réalisés au château. Deux tours viennent compléter le système défensif d'origine (le Wahlenburg). L'une est édifiée au nord : le Dagsburg (une étude dendrochronologique nous fournit l'année 1147). L'autre est édifiée sur la pointe sud : le Weckmund (datée de la fin du XIIe siècle). La tour centrale est elle aussi transformée à cette occasion.

Le Dagsburg subit les foudres de Philippe de Hohenstaufen, duc de Souabe et d'Alsace, lors d'une expédition punitive. Il est reconstruit dans la première décennie du XIIIe siècle. En 1225, lorsque Gertrude de Dabo-Eguisheim décède sans héritier (malgré trois mariages), une guerre de succession (elle durera 26 ans) se déclenche entre l'évêque de Strasbourg, qui vient d'acheter 1/3 du château (le Dagsburg), et les comtes de Ferrette qui possèdent les 2/3 restant (le Wahlenburg et le Weckmund). Il faudra l'arbitrage de l'Empereur Germanique pour que chacun conserve sa partie. A compter de cette date, les châteaux ne sont tenus en fief ou en arrière-fief que par de " petits chevaliers ", même lorsqu'en 1324 Albert de Habsbourg, duc d'Autriche, hérite des comtes de Ferrette. Les tensions entre ces vassaux ou suzerains restent vives, car une paix castrale doit être signée en 1343.

La destruction d'Eguisheim intervient le 04 juin 1466, lorsque les troupes de la ville de Mulhouse en font le siège pour déloger une bande de pillards (4 !) s'y étant réfugiée. Après s'en être emparés, ils l'incendient en épargnant la chapelle. Au XVIIe siècle (juillet 1674) celle-ci est en ruine. Les vestiges des châteaux, classés en 1840, font l'objet de fouilles entre 1965 et 1970 et de travaux de restauration au milieu des années 70 (logis du Weckmund, portes relevées au Walhenburg et logis, stabilisation du Dagsburg).