Dijon était déjà un carrefour de circulation important à l'époque gauloise. Les Romains y construisirent à la fin du IIIe siècle une puissante enceinte urbaine de 1200 m de périmètre. La ville n'obtint pourtant pas le rôle administratif que ses infrastructures militaires lui permettaient d'espérer. Au VIe siècle, l'évêque Grégoire de Tours s'étonnait dans sa fameuse Histoire des Francs : " J'ignore pourquoi ce lieu n'a pas été qualifié de cité ", en d'autres termes, pourquoi aucun évêque n'avait choisi de s'y installer définitivement. Cette assertion doit cependant être nuancée. En effet, à la suite des sacs successifs de Langres durant le Ve siècle, les évêques de cette ville firent de Dijon leur résidence favorite, même si le siège diocésain restait officiellement dans la Civitas Ligonensis.

C'est précisément l'un de ces évêques de Langres, Grégoire, qui fonda en 511 une basilique à l'emplacement d'une nécropole gallo-romaine. L'une des sépultures passait dans la ferveur populaire pour posséder des vertus miraculeuses. Les vœux que l'on y formulait se réalisaient et l'anonyme enseveli dans le sarcophage fut qualifié de Benignus (Bienfaisant). On présuma qu'il s'agissait du premier évêque de Langres, martyrisé selon la tradition paléochrétienne au IIIe siècle après J.-C.

Avant 870, l'évêque de Langres Isaac décida de transformer la basilique en abbatiale. Il fit édifier un nouvel édifice religieux pour remplacer le précédent ruiné et établit une communauté monastique soumise à la règle bénédictine.

En 989, c'est à nouveau un évêque de Langres, Brun de Roucy cette fois, qui pesa lourdement sur l'avenir de Saint-Bénigne. Pour y réformer l'abbaye, Brun envoya une douzaine de moines clunisiens à Dijon, dont Guillaume de Volpiano. Il s'agissait de l'un des esprits les plus éclairés de son temps. Il réforma complètement le monastère, rétablissant rigoureusement la règle bénédictine. Ce succès lui attira une notoriété sans précédent, à tel point que le duc de Normandie Richard II (996-1026) l'appela pour l'aider à restaurer dans sa principauté les grandes abbayes dévastées durant les invasions scandinaves : Jumièges, Bernay et surtout la Sainte-Trinité de Fécamp.

Guillaume laissa à Dijon sa marque dans la pierre : il fit entièrement reconstruire pour la troisième fois le sanctuaire de saint Bénigne. De cette œuvre demeure seul aujourd'hui le niveau inférieur de la rotonde, destiné primitivement à abriter les reliques du saint patron autour desquelles pouvaient circuler aisément les pèlerins. Il fait désormais office de crypte. Il s'agit d'un ouvrage circulaire avec trois couronnes de colonnes concentriques. A l'est s'ouvre une chapelle mortuaire rectangulaire, reprenant probablement la structure d'une réalisation antérieure. Elle possède également des chapelles latérales. L'emplacement présumé du sarcophage de saint Bénigne se situe à l'ouest, là où s'ouvrait à l'origine la nef. On remarque plusieurs magnifiques chapiteaux romans représentant des motifs végétaux, des orants (hommes priant les bras levés), ou des créatures infernales.

En 1137, un terrible incendie ravagea Dijon et l'abbatiale subit des dégâts considérables. L'abbé Pierre de Genève décida de la reconstruire presque entièrement : seule la rotonde avait été épargnée par les flammes et elle s'inséra dans un nouveau bâtiment de pur style roman.

Le sort s'acharne parfois tragiquement sur certains monuments. Le 14 février 1271, le haut clocher s'effondra en entraînant dans sa chute la majeure partie de l'abbatiale. La rotonde fut une nouvelle fois miraculeusement sauvegardée. L'abbé Hugues d'Arc lança en 1280 le chantier de l'actuelle église. La construction dura plus d'un siècle. Si le chevet fut béni en avril 1287, il fallut attendre 1393 pour la consécration de l'ensemble enfin achevé.

En 1651, l'abbaye passa sous le contrôle des Mauristes. La dissolution en 1790 des ordres à vœux solennels dispersa les derniers moines. L'évêque Volfius, qui avait prêté serment d'allégeance à la République, décida d'en faire le siège d'un nouvel évêché (1792). La tourmente révolutionnaire emporta malheureusement les deux étages supérieurs de la rotonde. Seul subsista le niveau inférieur, en partie comblé. Transformée en Temple de la Raison pendant la Terreur, Saint-Bénigne fut rendue au culte en 1795.

L'édifice gothique est d'une sobriété déconcertante. Saint-Bénigne n'était pas une cathédrale à l'origine, à l'instar de Notre-Dame de Paris ou de Saint-Etienne de Bourges. De sa vocation d'abbatiale elle a conservé l'austérité monastique. Elle possède les caractéristiques toitures bourguignonnes aux tuiles laquées multicolores. La façade est encadrée par deux hautes tours jumelles hexagonales. Le portail a largement été remanié au début du XIXe siècle. A l'intérieur règne un grand dépouillement et une ornementation minimaliste, mais la lumière naturelle inonde abondamment l'espace. La nef possède deux collatéraux et cinq travées. Les voûtes du chœur et du transept sont enlevées et donnent une impression de légèreté. Il faut également remarquer les magnifiques grandes orgues (XVIIIe siècle).

Dessin de la rotonde par Lallemand.
Paris BN Cabinet des estampes.